پاکستان قبرص پر ترکی کے دعوے کی حمایت کرتا ہے اور دونوں ممالک کے درمیان بڑھتے ہوئے تعلقات یونان کے لیے پریشانی کا باعث بن سکتے ہیں۔ یونان اور ترکی قبرص میں طویل عرصے سے جاری تنازعے میں ملوث ہیں اور بین الاقوامی برادری دونوں ممالک کے درمیان تنازعے کے حل کے لیے بات چیت کرنے کی کوشش کر رہی ہے۔ اگرچہ تمام یورپی یونین قبرص کے بارے میں یونان کے موقف کی حمایت کرتی ہیں، لیکن چند ممالک ایسے ہیں جو قبرص پر ترکی کے دعوے کی حمایت کرتے ہیں۔ پاکستان ایسے ممالک کی فہرست میں سرفہرست ہے۔
پاکستان اور ترکی کے درمیان فوجی اتحاد کا گہرا ہونا واضح طور پر اس بات کی نشاندہی کرتا ہے کہ پاکستان ترکی کے صدر رجب طیب اردغان کی فتح اور سلطنت عثمانیہ کی بحالی کے جہادی عزائم کے تعاقب میں ہر ممکن مدد کرے گا جس میں قبرص بھی شامل ہوگا۔ یونان کے لیے پریشانی کی ایک اور وجہ جوہری پھیلاؤ پر چین-پاکستان-ترکی کے گٹھ جوڑ کا ابھرنا ہے۔ انسائیڈ اوور کی رپورٹ کے مطابق، ترک صدر اردگان پہلے ہی اپنی نو عثمانی امنگوں کو پورا کرنے کے لیے 'خلافت ایٹم بم' تیار کرنے پر اپنی مایوسی کا اظہار کر چکے ہیں۔
چین اور پاکستان کو میزائلوں کی غیر قانونی فروخت اور ایک خفیہ پھیلاؤ مارکیٹ بنانے کے الزامات کا سامنا ہے۔ 2016 میں ترک صدر رجب طیب اردوان کے خلاف بغاوت کی ناکام کوشش کے بعد، ترکی نے اپنے لڑاکا طیارے کے پائلٹوں کو برطرف کر دیا تھا جنہیں ناکام بغاوت کے پیچھے اصل سازشی سمجھا جاتا تھا۔ بعد میں، ترک فوج نے انکشاف کیا کہ اسے معمول کی سطح تک پہنچنے کے لیے 190 جنگی پائلٹس سمیت 500 نئے پائلٹس کی ضرورت ہے اور پاکستانی حکومت سے کہا کہ وہF-16 اڑانے کے لیے ٹرینرز بھیجے۔
پاکستان اور ترکی کے درمیان نومبر 2019 کی مشترکہ فوجی مشقوں کے بعد ترک لڑاکا طیارے اڑانے والے پاکستانی پائلٹوں کے بارے میں شکوک کو تقویت ملی۔ مزید برآں، یونانی فضائی حدود کی خلاف ورزی کرتے ہوئے، 13 نومبر 2019 کو، یونانی حکام کے ساتھ فلائٹ پلان درج کیے بغیر، ایک پاکستانیP-3 اورین نیول کوآپریشن اینڈ انفارمیشن کلیکشن ایئر کرافٹ کو یونانی فضائی حدود میں اڑایا گیا۔